Organizační struktura fakulty je součástí celkové organizační struktury univerzity a pokrývá různé provozní, poradní a akademické orgány.
V čele fakulty stojí děkan, který s podporou proděkanů určuje její směr a vývoj, zároveň je v přímém napojení na orgány univerzity. Svá rozhodnutí opírá o poradní orgány jako jsou Kolegium děkana, Vědecká rada a další. Tajemník fakulty a celý jeho aparát zajišťuje praktický chod fakulty (finance, majetek, provozní služby apod.). Fakulta se dále člení na katedry a specializovaná pracoviště. Všechny tyto orgány dohromady zajišťují nejen samotný provoz fakulty, ale především akademické, pedagogické či vědecko-výzkumné činnosti.